「ドミネ・クォ・ヴァディス教会」の名前は、「主よ、どこへ行かれるのですか?」を意味する。これはネロ帝によるキリスト教徒迫害を避けるため、ローマを離れようとしていたペテロの前に現れたイエスにペテロが言った言葉だ。イエスは「もう一度十字架にかけられに、ローマへ」と答え、ぺテロはローマを見捨てようとした自分を恥じて引き返し、殉教したと言われている。
この2人が再会した場所に建てられたのが、ペテロの問いがそのまま名前となった「ドミネ・クォ・ヴァディス教会」である。内部にはこのときのイエスの足跡の型が残っているという。現存の「ドミネ・クォ・ヴァディス教会」は17世紀に立て直されたものだ。